根据我国的相关法律规定，商标专用权质押登记机关是国家工商行政管理局。国家工商行政管理局商标局具体办理商标专用权质押登记。
以注册商标专用权进行质押的，出质人与质权人应当订立商标专用权质押书面合同。质押合同订立后，出质人与质权人应当到商标局变更续展处办理商标专用权质押登记手续，也可以委托国家认可的商标代理机构办理商标专用权质押登记手续。商标专用权质押合同自登记之日起生效。